Thực hiện Văn bản số: 128/TB-BGTVT ngày 06/3/2012 của Bộ GTVT thông báo kết luận của Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Công tại Cuộc họp về tàu biển nước ngoài vận tải container nội địa, trong đó giao Cục HHVN đề xuất cơ chế, chính sách đối với tàu thuộc sở hữu của các doanh nghiệp Việt Nam đang mang cờ quốc tịch nước ngoài sang mang cờ quốc tịch Việt Nam, ngày 26/4/2013, tại Cục HHVN đã diễn ra Cuộc họp chuyển đổi tàu container thuộc chủ sở hữu doanh nghiệp VN mang cờ quốc tịch nước ngoài sang mang cờ quốc tịch VN hoạt động trên các tuyến nội địa. Hiện nay có 6 tàu container mang cờ quốc tịch nước ngoài thuộc chủ sở hữu Việt Nam đủ điều kiện chuyển đổi sang mang cờ quốc tịch Việt Nam theo quy định tại Điều 9, Nghị định số 29/2009/NĐ-CP về đăng ký và mua, bán tàu biển. Tuy nhiên, khi chuyển đổi sang mang cờ quốc tịch Việt Nam, các doanh nghiệp gặp một số khó khăn về tài chính khi phải nộp các khoản thuế, phí, trong khi các khoản thuế, phí này vượt quá khả năng chi trả của doanh nghiệp. Đa phần các doanh nghiệp có tàu container mang cờ quốc tịch nước ngoài đồng ý chủ trương chuyển đổi sang mang cờ quốc tịch VN hoạt động trên tuyến nội địa của Cục HHVN, nhưng cũng kiến nghị Nhà nước cho áp dụng mức thuế nhập khẩu tàu biển, thuế GTGT với mức 0% và miễn thuế trước bạ khi chuyển sang mang cờ VN; giãn thời gian nộp thuế... Kết luận Cuộc họp, Phó Cục trưởng Bùi Thiên Thu yêu cầu các bên liên quan cần thực hiện theo Thông báo kết luận của Thứ trưởng Nguyễn Văn Công, trong đó có nội dung giao Cục HHVN đề xuất cơ chế, chính sách đối với tàu thuộc sở hữu của các doanh nghiệp Việt Nam đang mang cờ quốc tịch nước ngoài sang mang cờ quốc tịch Việt Nam. Đối với các đề xuất kiến nghị, cần tập trung vào tàu container, trong đó làm rõ hiệu quả hoạt động của tàu container, thị phần cũng như chỉ số xếp hạng... Ngoài các đề xuất, kiến nghị của các chủ tàu, Phó Cục trưởng chỉ đạo cần lấy ý kiến của Hiệp hội Chủ tàu VN, Tổng công ty HHVN.