Ngày 20/9/2013, Cục trưởng Nguyễn Nhật đã tham dự buổi làm việc của Bộ Giao thông vận tải, do Thứ trưởng Nguyễn Văn Công làm trưởng đoàn, với UBND TP. Hồ Chí Minh, về việc đẩy nhanh tiến độ di dời các cảng trên sông Sài Gòn và Nhà máy Đóng tàu Ba Son theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
Tại buổi làm việc, Cục trưởng Nguyễn Nhật đã nêu lên một số tồn tại, vướng mắc trong việc thực hiện di dời có liên quan đến TP. Hồ Chí Minh, cụ thể là tiến độ phê duyệt các quy hoạch 1/2000 xây dựng khu vực quận 7 của khu đất cảng Tân Thuận Đông và cảng Rau Quả, quy hoạch 1/500 khu vực Tân Cảng Sài Gòn và Nhà máy Đóng tàu Ba Son, quy hoạch chi tiết 1/500 khu đất chuyển đổi công năng tại Nhà Rồng-Khánh Hội; tiến độ thực hiện giải phóng mặt bằng, giao đất cho các đơn vị cảng Sài Gòn-Hiệp Phước giai đoạn I, Hiệp Phước giai đoạn II và công tác giao đất cho cảng Tân Thuận Đông; tiến độ thực hiện các dự án chuyển đổi công năng của khu Nhà Rồng–Khánh Hội, cảng Rau Quả và tiến độ thực hiện các dự án hạ tầng kết nối cảng phục vụ di dời tiến hành còn chậm... Sau khi nghe ý kiến của các doanh nghiệp nằm trong khu quy hoạch di dời và ý kiến của các sở, ban ngành có liên quan về tiến độ đền bù, giải phóng mặt bằng và xây dựng cơ sở hạ tầng đầu tư, Phó chủ tịch UBND Thành phố Nguyễn Hữu Tín đã trình bày sơ lược quy hoạch bờ Tây sông Sài Gòn của Thành phố. Qua đó, để xây dựng được bản quy hoạch này Thành phố đã cân nhắc để hài hòa giữa quy hoạch xây dựng Thành phố và vấn đề quốc phòng cũng như hoạt động sản xuất kinh doanh của các đơn vị, đảm bảo sự phát triển bền vững và lâu dài của Thành phố, do đó việc thay đổi đồ án quy hoạch di dời 1/2000 là không thể. Tuy nhiên, Thành phố sẽ ủng hộ các đơn vị giải quyết khó khăn về nguồn vốn bằng cách để lại toàn bộ tiền sử dụng quỹ đất cho đơn vị và thay đổi 20% quỹ đất xây dựng nhà ở xã hội thành nhà thương mại. Phó chủ tịch cũng đề nghị các sở, ban ngành của Thành phố phải nhanh chóng đẩy nhanh tiến độ giải tỏa, đền bù và xây dựng cơ sở hạ tầng phục vụ di dời cảng, nhanh chóng hoàn thiện đường dẫn vào các cảng trong giai đoạn 2015-2020 để các đơn vị có điều kiện kêu gọi đầu tư nhằm thúc đẩy tiến độ di dời, tạo điều kiện cho các đơn vị thuộc diện di dời có thể sớm ổn định và phát triển sản xuất kinh doanh.