Ngày 24/12/2012, Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Công và Thứ trưởng Bộ Tài Chính Nguyễn Thị Minh đã ký ban hành Thông tư liên tịch 220/2012/TTLT- BTC-BGTVT hướng dẫn việc bảo đảm chi phí bắt giữ tàu biển và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ từ ngân sách nhà nước. Theo đó Thông tư quy định chi tiết kinh phí ngân sách nhà nước chi cho việc bắt giữ tàu biển và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ theo quy định tại Nghị định số 57/2010/NĐ-CP ngày 25/5/2010 của Chính phủ và được áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan đến việc thực hiện bắt giữ tàu biển và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ được quy định tại Nghị định 57/2010/NĐ-CP ngày 25/5/2010 của Chính phủ.

Nguồn kinh phí NSNN bảo đảm việc thực hiện bắt giữ tàu biển và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ bao gồm ngân sách trung ương chi cho việc thực hiện bắt giữ tàu biển và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ đối với tàu biển do cảng vụ hàng hải trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam hoặc Cảng vụ đường thủy nội địa trực thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam tổ chức thực hiện bắt giữ. Ngân sách địa phương chi cho việc thực hiện bắt giữ tàu biển và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ đối với tàu biển do cảng vụ đường thủy trực thuộc Sở Giao thông vận tải các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tổ chức thực hiện bắt giữ. Nguồn NSNN, theo Thông tư được sử dụng chi cho chi phí thực hiện bắt giữ tàu biển theo quy định tại điểm d, khoản 2, Điều 10 Nghị định số 57/2010/NĐ-CP ngày 25/5/2010 của Chính phủ như chi phí truy đuổi tàu biển mà không truy đuổi được, chi phí tống đạt Quyết định bắt giữ tàu biển của Tòa án và yêu cầu bắt giữ tàu biển là đúng; Chi phí sử dụng phương tiện thực hiện nhiệm vụ; Chi phí sửa chữa phương tiện khi bị hư hỏng phát sinh trong quá trình thực hiện nhiệm vụ; Chi phí bồi dưỡng cho người trực tiếp thực hiện nhiệm vụ; Chi phí trong trường hợp đặc biệt khác do Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quyết định. Ngoài ra, nội dụng chi từ NSNN cũng bao gồm cả chi phí duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ chi phí nhiên liệu, vật liệu tối thiểu để duy trì hoạt động cần thiết của tàu biển, chi phí sinh hoạt tối thiểu cho thuyền viên làm việc trực tiếp trên tàu biển: chi phí lương thực, thực phẩm, nước ngọt theo quy định đối với thuyền viên làm việc trên tàu biển Việt Nam, Chi phí thuê thuyền viên bảo đảm hoạt động an toàn tối thiểu của tàu biển trong trường hợp thuyền viên rời bỏ tàu: chi phí sinh hoạt, tiền công của thuyền viên và các chi phí hợp lý khác căn cứ theo hợp đồng thuê thuyền viên, chi phí y tế, cấp cứu trong các trường hợp thuyền viên trên tàu biển bị bắt giữ bị ốm đau, bệnh tật đột xuất…. Cũng theo Thông tư, hàng năm Bộ Giao thông vận tải (Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam), Sở Giao thông vận tải các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương lập dự toán chi cho các nội dung thực hiện bắt giữ và duy trì hoạt động của tàu biển trong thời gian bị bắt giữ theo phân cấp ngân sách hiện hành, gửi cơ quan tài chính cùng cấp để tổng hợp trình cấp có thẩm quyền quyết định theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước. Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11 tháng 2 năm 201